Raúl Fernández dominó la clasificación del Gran Premio de Indonesia superando a Marco Bezzecchi y Fabio Di Giannantonio.
El piloto español, Raúl Fernández, consiguió la primera Pole Position de su trayectoria en MotoGP tras una gran actuación en el circuito de Mandalika. A bordo de su moto del equipo Trackhouse Racing, el madrileño detuvo el cronómetro en 1:28.852 para adueñarse del mejor tiempo de la sesión, asegurando el 1er lugar de la parrilla en la categoría reina tras cinco temporadas y cumpliendo con las altas expectativas que había generado en los entrenamientos previos.
En la 2da posición finalizó Marco Bezzecchi con la Aprilia oficial, quedando a apenas 0.109 segundos del registro de Fernández y destacando como el único de los contendientes directos al título en clasificar dentro de la primera fila. Completando el top 3 concluyó Fabio Di Giannantonio en el 3er puesto, firmando una labor sólida para el equipo Pertamina Enduro VR46 en la carrera de casa de su patrocinador principal, asegurando así un lugar clave para la largada.
Desde la segunda fila partirán los dos principales candidatos a la corona. Marc Márquez finalizó en el 4to puesto tras aprovechar la estela de Jorge Martín, quien se ubicó en la 5ta posición de la parrilla, mientras que Fermín Aldeguer completó la segunda línea en el 6to lugar pese a sufrir su cuarta caída del fin de semana. En la tercera fila arrancarán Ai Ogura desde el 7mo puesto tras avanzar desde la Q1, acompañado por Pedro Acosta en la 8va posición y Álex Márquez en el 9no lugar.
Cerrando el top 10 concluyó Francesco Bagnaia en el 10mo puesto para encabezar la cuarta fila, compartiendo línea con Franco Morbidelli en la posición 11 y Fabio Quartararo en el lugar 12. Fuera de la Q2, Álex Rins abrirá la quinta fila en el puesto 13 tras quedar eliminado por escaso margen, ubicándose por delante de Enea Bastianini en la posición 14 y Luca Marini en el lugar 15, mientras que Brad Binder clasificó en el puesto 16 por delante de Jack Miller en el 17 y Maverick Viñales en el 18.
La sesión inicial de Q1 estuvo marcada por una gran cantidad de caídas que condicionaron el orden de largada. Johann Zarco sufrió dos accidentes en la tanda y quedó en la posición 20, mientras que Diogo Moreira provocó una bandera amarilla final tras caerse y clasificó en el puesto 21, justo por detrás de Toprak Razgatlioglu en el lugar 19. La última posición correspondió a Aleix Espargaró en el puesto 22, quien participó en este Gran Premio como sustituto de Joan Mir en el equipo Honda.