Marco Bezzecchi superó por 80 milésimas a Jorge Martín en Motegi antes de la sesión clasificatoria.
El piloto italiano, Marco Bezzecchi, se adueñó del mejor registro en la última sesión de prácticas libres de MotoGP en el trazado de Motegi. A bordo de su moto de Aprilia Racing, el italiano detuvo el cronómetro en 1:43.321 para colocarse al frente de la tabla de tiempos, superando por escasas 80 milésimas a su compañero de equipo y ratificando la excelente adaptación de la estructura de Noale a las condiciones del asfalto japonés en los momentos previos a la clasificación.
La tanda debió ser interrumpida con bandera roja dentro de los primeros seis minutos debido a una rotura de motor sufrida por Franco Morbidelli, lo que obligó a limpiar la superficie antes de reanudar la acción. Tras volver a pista, Jorge Martín se ubicó en la 2da posición para sellar el 1-2 de Aprilia, mientras que Pedro Acosta completó el top 3 en el 3er lugar con su moto KTM, situándose por delante de Marc Márquez, quien finalizó en el 4to puesto a 0.243 segundos de la punta.
Cerrando los primeros cinco clasificados se colocó Fabio Di Giannantonio en la 5ta posición, seguido de cerca por el sudafricano Brad Binder, quien firmó una destacada vuelta para situarse en el 6to lugar. Por detrás concluyeron Enea Bastianini en el 7mo puesto y Álex Márquez en la 8va posición, mientras que Raúl Fernández llevó la moto del equipo Trackhouse Racing al 9no lugar y Fabio Quartararo se metió en el 10mo puesto, superando al local Ai Ogura, quien concluyó en la posición 11 tras una caída.
En el pelotón intermedio, Francesco Bagnaia terminó en el puesto 12 sin encontrar el ritmo ideal con su Ducati oficial, seguido por la dupla del equipo LCR Honda integrada por Johann Zarco en el lugar 13 y Diogo Moreira en la posición 14. Luca Marini concluyó en el puesto 15 por delante de Franco Morbidelli, quien finalizó en el lugar 16 tras verse condicionado por la rotura mecánica temprana, mientras que Maverick Viñales concluyó en la posición 17.
En los últimos puestos del entrenamiento, Fermín Aldeguer terminó en la posición 18 tras sufrir un accidente a mitad de sesión, justo por delante del australiano Jack Miller en el puesto 19 y del tailandés Somkiat Chantra en el lugar 20. La parte final de la clasificación la completaron Álex Rins en la posición 21 y Toprak Razgatlioglu en el puesto 22, cerrando una sesión accidentada que sirvió para que los equipos terminaran de definir sus configuraciones antes de la pelea por la pole.